Auer war führender Kopf der Volksbewegung für ein selbstständiges Baselbiet, die in der Abstimmung zur Wiedervereinigung mit Basel-Stadt am 7. Dezember 1969 einen historischen Sieg feierte. Hand in Hand marschierte Auer an jenem Tag mit seinem Mitstreiter, Regierungsrat Paul Manz, durchs Liestaler Stedtli.

Der Bottminger wurde 1971 in den Landrat und in den Nationalrat gewählt. Dem Kantonsparlament gehörte er bloss vier Jahre, jenem in Bundesbern dafür ganze 20 Jahre an. Zwischen 1976 und 1980 führte er zudem die kantonale FDP. National bleibt Auer als der Strippenzieher bei der Wahl Otto Stichs 1983 in den Bundesrat in Erinnerung. Der Freisinnige war es, der seinen sozialdemokratischen Studienkollegen aus Dornach als Sprengkandidaten portierte, um die von der SP nominierte Zürcherin Lilian Uchtenhagen zu verhindern. Seit jener Bundesratswahl werden die Stunden im Vorfeld als «Nacht der langen Messer» bezeichnet – wobei es eine solche, abgesehen von der Blocher-Abwahl 2007, nie mehr gegeben hat.

Vor den Nationalratswahlen 1995 sorgte Auer dafür, dass sein Nachfolger Christian Miesch, der seit 1991 in Bundesbern politisierte, von der Baselbieter FDP nicht mehr ins Rennen geschickt wurde. Auer hatte den Ruf eines streitbaren, pointiert bürgerlichen und prinzipientreuen Politikers. So blieb er auch nach der Besetzung des AKW-Geländes in Kaiseraugst 1975 ein Befürworter der Kernenergie. Aussenpolitisch plädierte Auer, der von 1986 bis 1989 der Parlamentsdelegation bei der Efta vorstand, für eine moderate Öffnung der Schweiz.

Im Rahmen der Aufarbeitung der Rolle der Schweiz im Zweiten Weltkrieg geriet sich Auer 1997 mit Jean Ziegler in die Haare. In seiner Schrift «Das Schlachtfeld von Thun oder Dichtung und Wahrheit bei Jean Ziegler» warf er dem SP-Nationalrat Geschichtsklitterung vor. Von 1993 bis 1995 präsidierte Auer ferner die Unabhängige Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen (UBI). Der über viele Jahre kirchlich engagierte Auer verfügte über einen ausgeprägten Gerechtigkeitssinn. Der Bottminger wird als einer der prägendsten Baselbieter Politiker der letzten Jahrzehnte in Erinnerung bleiben.